El fluconazol se usa para tratar infecciones graves por hongos o levaduras, incluida la candidiasis vaginal, candidiasis orofaríngea (aftas, aftas orales), candidiasis esofágica (esofagitis por cándida), otras infecciones por cándida (incluidas infecciones del tracto urinario, peritonitis [inflamación del revestimiento del estómago] e infecciones que pueden ocurrir en diferentes partes del cuerpo) o meningitis por hongos (criptocócica). También se utiliza en niños que reciben un soporte vital llamado oxigenación por membrana extracorpórea (ECMO). Este medicamento actúa matando el hongo o la levadura, o impidiendo su crecimiento.